Захоронения участников обороны Севастополя производились только по специальному разрешению Императора. В конце октября 1855 г., оплакивая десятки тысяч павших за Веру, Царя и Отечество героев, здесь молился Александр II.
Вскоре после окончания Крымской войны в России развернулось движение по увековечиванию памяти павших героев обороны Севастополя. По Высочайшему распоряжению Императора Александра II на вершине Братского кладбища — «стотысячника», как его называли уже тогда, 8 сентября 1857 г. стали строить на добровольные пожертвования всего русского Флота и всей России Свято-Никольский храм — как главный па-мятник всем павшим воинам в Крымскую войну и при обороне города. В его основание были положены медали «За защиту Севастополя» и «В память войны 1853- 1856 гг». Проект храма-памятника был разработан академиком архитектуры Алексеем Александровичем Авдеевым.
В 1870 г. все строительные и отделочные работы были завершены и в присутствии генерал-адмирала Великого Князя Константина Николаевича — младшего брата Александра II — Свято- Никольский Храм-памятник был освящен.
В октябре 1871 г. по личному распоряжению Императора Александра II храм был причислен к Военному Ведомству. Спустя год, в ноябре 1872 г., на Братском кладбище (тогда оно ещё называлось Петропавловским) побывала Императрица Мария Фёдоровна с младшими детьми. По краям могилы Князя Михаила Горчакова Императрица собственноручно посадила два молодых дерева.
4 мая 1886 г. Свято-Никольский храм удостоил высочайшим посещением Император Александр III, который прибыл в Севастополь, чтобы почтить могилы павших героев и Братское некрополь. Об упокоении воинов он молился вместе с Императрицей и детьми. Найдя фрески в храме в неудовлетворительном состоянии в результате разрушительного влияния солёного морского воздуха, Государь Император Высочайше со-изволил:
«чтобы сохранить на вeчныя времена память о доблести вояновъ, умершихъ въ битвe, признать необходимымъ сохранивъ характеръ живописи храма, заменить ее мозаикой».
Также по распоряжению Императора Александра Третьего в храме было специ-ально устроено водяное отопление с вентиляцией.
В дальнейшем, вплоть до Революции 1917 г., члены Царской семьи ежегодно при-езжая в Крым, посещали Братский некрополь. Одна из самых известных фотографий последнего Императора Николая II, спускающегося от Свято- Никольского храма-памятника вместе с Великим Князем Александром Михайловичем и высшими морскими офицерами по главной аллее Братского кладбища, сделана именно в этот день — 29 ав-густа 1909 г., после совершенной в храме ежегодной Панихиды.
Свято-Никольский храм-памятник всегда стоял на страже русских военных и церковных традиций. Ежегодно 29 августа (11 сентября по н.с.) священники храма служили здесь положенную ещё со времён Екатерины Второй Панихиду по всем погиб-шим на поле боевом.
Во время второй обороны Севастополя, а затем и освобождения города Братский военный некрополь стал местом сражений и пополнился новыми захоронениями Вели-кой Отечественной войны.
По этим захоронениям можно изучать историю Русского Флота. Здесь покоятся сотни моряков погибшего линкора «Новороссийск» и подводники «Комсомольска» и «Курска». В настоящее время сохранилось 116 индивидуальных могил и 472 братских захоронения.
Спустя столетие историческая справедливость восстанавливается. Министр обороны России Андрей Белоусов поддержал инициативу депутата Госдумы и директора Института Стран СНГ Константина Затулина о присвоении севастопольскому Братскому кладбищу статуса военно-мемориального некрополя федерального значения.