Сгорел двор стрелецкого сотника Данилы Онучина (церковное предание говорит о нем, как о стрельце, хотя Онучины – нижегородские дворяне, переселившиеся в Казань в 60-е годы XVI в.). Двенадцатилетней девочке Матроне, дочери сотника Онучина, трижды являлась во сне Пресвятая Богородица, повелевая идти на городское пепелище и обрести Ее образ. Девочка рассказала матери, а та сообщила о видении архиепископу Казанскому Иеремии, воеводе Богдану Сабурову, дьякам Михаилу Битяговскому и Василию Шулепину. К несчастью, никто не поверил сказанному. Возвратившись домой, Матрона и её мать не отчаялись, напротив, решили действовать: начали рыть землю в указанном дочерью месте. 8 июня (ст.ст.) 1579 года девочка Марфа обнаружила икону Богородицы на месте горевшего дома. Вскоре после обретения, по повелению Казанского архиепископа, икона при большом стечении народа была перенесена в ближайший храм – в церковь Николы Тульского. В обретении иконы принимал участие священник казанской Николо-Гостинодворской церкви Ермолай, позже – Казанский митрополит, а затем и Всероссийский патриарх и священномученик Гермоген, канонизированный Русской Церковью в 1913 году. Он и описал, в бытность Казанским митрополитом, сказание об обретении иконы и чудотворениях от нее.
В 1595 году было установлено особое празднование Казанской иконе Божией Матери (8 (21) июля, в честь обретения иконы). В 1611 году митрополит Казанский Ефрем, которого призвал на борьбу с поляками заточенный в тюрьму патриарх Гермоген, направил вместе с Казанским отрядом в ополчение Минина и Пожарского список с Казанской иконы Божией Матери. Перед взятием Москвы русское ополчение усиленно молилось перед чудотворной иконой, в результате освобождение Москвы от поляков было приписано заступлению Божией Матери «ради Казанской иконы Ее». В память об этом событии было установлено второе всероссийское празднование Казанской иконе – 22 октября (4 ноября).

Список, бывший в ополчении поместили в специально построенный на Красной площади Казанский собор. Другой чудотворный список находился в Казанском соборе Санкт-Петербурга. До революции Казань, Москва и Петербург оспаривали право считаться обладателями настоящей чудотворной иконы. В 1904 году Россию потрясло известие о краже в ночь на 29 июня чудотворной иконы из Казанского Богородицкого монастыря. Похитители вскоре были арестованы, но икона не была найдена. Версия о том, что икона сожжена или продана похитителями старообрядцам не нашла подтверждение. Следствие не дало ответа ни на один из волновавших верующих вопрос.