1653 год считается официальной датой основания монастыря. Именно тогда царь Алексей Михайлович выдал жалованную грамоту первому игумену — ученому монаху Гурию.
Обитель строилась силами малороссийских казаков (черкас) и монахов, бежавших от религиозных притеснений с территории Речи Посполитой.
В те времена монастырь выполнял роль важной пограничной крепости на южных рубежах Русского государства. Он был обнесен деревянной стеной, окружен рвом и даже оснащен пушками для защиты от набегов татар.
В мае 1699 года у стен Дивногорского монастыря во время Азовского похода останавливался Пётр I вместе со своей свитой.